中心設立理事會和學術委員會。理事會主要職責是領導、監督、檢查和研究中心各項工作；規劃中心未來發展戰略；幫助協調中心和院外有關各方的聯系工作；制定和批準數據共享與管理條例；組織國際合作與交流。學術委員會負責指導研究中心科研發展方向和路徑選擇。

中心實行主任負責制，由主任向理事會負責。主任主持中心的日常工作，負責各共建單位之間的總體協調。

中心由本部及5個共建單位組成。中心本部包含3個研究部和1個大數據中心，各部門具體職責為：

無人機應用研究部：負責無人機遙感數據在應急救援、反恐與維穩、各類突發災害等中的應急應用、“一帶一路”、地緣、軍民融合等領域的應用，以及無人機在農林、氣象等相關行業應用。

無人機管控研究部：負責研發基于院屬單位已有多源異構無人機平臺的我院無人機管理和協同組網觀測技術，負責我院、全國無人機組網觀測體系的建設及無人機網絡資源的規劃、配置、調度和飛行監管平臺的管理。

無人機應用標準研究部：負責無人機應用系統、無人機遙感數據庫、無人機遙感數據共享交換、無人機系統驗證場建設等的標準規范及無人機遙感信息元數據標準，以及圍繞小型化、輕量化、機動化無人機系列接口、轉換技術標準等。

無人機大數據中心：負責研發無人機應用數據的分布式存儲、傳輸、管理、安全加密技術、面向不同終端的異構空間數據（影像、地圖、三維模型、點云、實景、行業數據等）同化和集成處理技術。負責全國無人機遙感數據互聯網匯交、數據庫建設及管理。無人機遙感數據的發布與共享服務。